Statistica e Calcolo delle Probabilità.

Il corso introdurrà gli studenti all'analisi dei dati provenienti da amiche a partire dalla definizione dell'allineamento fino all'approccio modellistico. Il corso fornire strumenti software di analisi basati sul software R e, in particolare, il pacchetto Bioconductor.

Introduzione ai problemi biologici legati alla complessità dei dati provenienti dalle tecniche di sequenziamento del DNA.

Introduzione ai modelli statistici per dati genomici e trascrittomici.

Capacità di affrontare l'analisi completa dei dati: dal dato grezzo all'interpretazione del risultato.

Capacità di scrivere una breve tesina su un dataset opportunamente assegnato dal docente.

Lezioni frontali e laboratorio

Lavoro di gruppo su dati reali.

Il corso tratterà i seguenti argomenti:

- Richiami di statistica descrittiva e inferenziale;

- Introduzione alla Genomica, Trascrittomica e Epigenomica.

-  Algoritmi di allineamento, allineamenti globali e locali. Applicazione alla quantificazione dell'espressione dell'RNA.

- Analisi di dati di espressione. Normalizzazione dei dati, metodi globali e locali (lowess), trasformazioni per la stabilizzazione della varianza. Applicazione di analisi cluster e analisi discriminante. Verifica d'ipotesi per l'identificazione di geni differenzialmente espressi, test moderati, approcci permutazionali. Problema dei confronti multipli, controllo del False Discovery Rate (FDR). Metodi di classificazione, Gene set Analysis.

Data analysis for the life sciences with R, Autori: Irizarry, Rafael A.,, Luogo: Boca Raton, Anno: 2017, Editore: Chapmann and Hall CRC.